(一)办公室。负责机关日常运转工作。承担综合协调、绩效管理、议案提案办理、纪检监察、综合治理、文秘、信息保密、信访、档案、政务公开、宣传、党建等工作;承担干部人事、机构编制、劳动工资、离退休干部等工作，指导水务行业人才队伍建设;负责部门预算决算、内部审计、水务统计、财务管理和资产管理工作。协调落实水务财政资金，统筹实施项目资金的监督管理和绩效评价，制定并执行内控制度。负责涉水法律法规事务。

(二)河湖管理科(河湖长制工作办公室)。贯彻落实中央和省市区关于推行河湖长制的精神，指导全区全面推行河湖长制工作。承担河湖长制领导小组办公室日常工作。负责河湖长制的组织实施、综合协调、检查督办和日常考核。承担实施最严格水资源管理制度相关工作。负责指导湖泊工程、水域及其岸线的管理、保护和综合利用，指导全区湖泊的开发、治理和保护。编制湖泊调度章程并监督实施，指导湖泊、涉湖水闸的运行管理。指导河、湖水生态保护与修复以及河湖水系连通工作。组织实施湖泊保护区和控制区内工程建设方案审查制度负责拟订全区水务发展中长期规划，组织编制重大水务综合规划、专业规划和专项规划，会同有关部门承办重大水利建设项目建议书、可行性研究报告和初步设计。负责组织实施永利建设投资计划，指导水务工程建设管理，制定有关制度并组织实施。

(三)水利水保科。组织编制河道堤防整险加固、绿化及河道采砂建设规划。组织编制洪水干旱防治规划和防护标准、重要江河湖泊和重要工程的防御洪水抗御旱灾调度以及应急水量调度方案并组织实施。组织开展全区排涝风险评估和灾害后评估。组织指导水旱灾害物资储备管理及水旱灾害防御信息化建设工作。指导河道堤防除险加固工作;指导河道堤防、水域及其岸线的管理、保护与综合利用。指导河道堤防的运行管理与划界。负责管理河道采砂工作，并组织、监督实施。承担水情旱情预警和信息报送，组织协调防御洪水应急抢险技术支撑工作。负责组织大中型灌区、大中型灌排工程建设与改造，负责大中型灌区主要配套建筑物、负责大中型灌区、大中型灌排泵站管理运行及维护，指导节水灌溉有关工作。承担水土流失综合防治工作，负责拟定水土保持规划并监督实施。负责建设项目水土保持监督管理工作，审核区级开发建设项目水土保持方案并监督实施。

(四)供排水管理科。负责编制全区排水专项规划和年度计划并组织实施，指导监督排水设施建设、运行和维护管理;负责编制城镇生活污水处理专项规划，落实全区污水收集处理系统建设工作。统筹全区生活污水收集处理设施建设，监督、检查、考核全区污水收集处理系统维护与运行管理。指导监督排水设施、污水收集处理系统建设、运营和维护管理。指导全区污水处理费征收使用管理工作。监督全区污水处理设施维护运营单位及污泥处置单位，督促其保证处理处置后的污泥符合国家有关标准，负责供水行业法律法规和服务标准的贯彻落实:指导制订全区供水规划并监督执行;指导监督供水设施建设:运营和维护;指导监督全区二次供水的维护管理。组织指导计划用水、节约用水工作。