区高新技术产业建设管理办公室内设4个机构:
(一)综合部:负责机关日常运转和综合协调工作，承担文书、机要、保密、人事、档案、信息、督办、绩效管理、信访、综治、党建、纪检、普法、后勤保障、文明创建、会务等工作。负责部门预算决算、内部审计、财务管理、资产管理工作。
(二)招商部:负责制订招商计划，收集、整理招商信息，组织开展招商活动。负责项目管理工作，包括行业分析、项目研判、项目洽谈、项目签约，以及签约项目证照办理等代理服务工作，并及时更新项目库。
(三)规划建设部:负责园区内规划工作，包括投资项目的规划报建，闲置土地的清理，新增建设用地的申报，土地批后管理等。负责对接建设过程中的相关部门，做好在建项目的协调服务。
(四)经济发展部:负责研究编制园区产业发展规划。协助企业办理工商、税务变更登记，制定奖励办法并实施。负责园区企业的税收管理，包括协税、结算等。负责协助园区企业申报各类资质、专利、扶持资金等。负责园区企业经济信息的统计和报送。协调解决企业经营发展过程中遇到的各类困难和问题。承担科技项目与人才引进、科技成果转化等工作。负责武汉海峡高新技术创业服务中心和海峡两岸青年创业基地等孵化服务平台的建设工作。
